Wendet man sich nun dem Südschiff zu, so entspricht hier der zweite der Linnicher Schnitzaltäre, der Kreuzaltar (auch Marienaltar genannt, H. Oidtmann), dem Antwerpener Hochaltar. Er steht auf einer Altarmensa des 19. Jh. mit runden Schiefersäulchen.
Der in der Mitte stark überhöhte Schrein des Kreuzaltars wiederholt in seinem Schnitzwerk das schon beim Hochaltar angeschlagene Thema der "Passion". Hier hat aber die Kreuzigungsszene im erhöhten Mittelfeld nicht die Tiefenstaffelung der Figurengruppen des Hochaltars.
Auch erscheint die Darstellung stark vereinfacht, so daß man unmittelbar an "Serienarbeit" denkt. Über dem Gekreuzigten sitzt die Gottesmutter, deren Vorfahren auf beiden Seiten der Mittelszene als kleine Holzfiguren in der Wurzel Jesse zu ihr und dem Erlöser emporsteigen. Sie kommen aus der unteren Retabelszene, wo Jesse und die vier Propheten agieren.
Die linke Seite des Schreins wird unten von der "Beschneidung" und oben von der "Kreuztragung" gefüllt. Diese beiden Szenen korrespondieren auf der anderen Seite mit der "Anbetung der Hll. Drei Könige" und der "Kreuzabnahme". Randfiguren ergänzen die Szenen.
Das Schnitzwerk dieses Altars weist nicht die gleiche Qualität auf wie das des Hochaltars.
Bei Öffnung des Schreins beginnt die malerische Darstellung mit der "Verspottung Christi". Die beiden mittleren Tafeln zeigen die "Ölbergszene" und die "Gefangennahme", unten findet man die "Verkündigung" und den "Besuch Mariä bei Elisabeth". Auf der anderen Seite entsprechen die "Grablegung", das "Pfingstfest", die "Himmelfahrt", die "Geburt" und eine "Darbringung" dem Gegenüber.
Ist der Altar geschlossen, so beginnt die Bildfolge in der Spitze wiederum mit den Szenen "Jesus und die Samariterin" oder mit der "Ehebrecherin". Ihnen folgen von links nach rechts die "Taufe im Jordan", die "Wunderbare Brotvermehrung" als Doppelszene mit reichem und armem Volk und die "Hochzeit zu Kanaa".